民國七十八年四月間，發生我輸日活鰻被進口國檢驗單位檢出超量歐索林酸藥物殘留事件。日方將我輸日活鰻全部留置，須經檢驗確認無藥物殘留，始准通關。活鰻在留置期間失重與死亡，造成嚴重損失，外銷幾乎完全停頓。

       本會立即報請政府協助解決，我外貿、農政、衛生、檢驗等各有關機關會同駐外單位與日方一再交涉結果，終獲日方同意由我經濟部前商品檢驗局與行政院農業委員會分別訂頒「輸日活水產品藥物殘留檢查證明書核發作業要點」及「輸日活鰻活蝦藥物殘留檢查取樣及檢驗作業措施」，前述兩項配套措施使輸日活鰻在出口前經過檢驗，取得檢驗合格證明文件，憑以通關進口。活鰻輸日雖已恢復，但該項作業措施所耗費之人力、物力亟大，深感不勝負荷。為減輕業者與政府有關單位之人力、物力負擔，同時鑒於食品安全衛生之競爭條件將日趨重要，本會遂有自行籌設「檢驗中心」實施自主檢查之構想。

       八十年四月本會第八屆第六次理監事聯席會議決議授權廖理事長木發就理監事中選聘九人組織籌備委員會，負責本會水產品檢驗中心的籌備事宜，八十年十一月先在桃園縣大園鄉竹圍村竹圍街租用房屋成立檢驗中心。在這一年中先後承台灣區鰻魚發展基金會補助新台幣四百九十餘萬元，經濟部國際貿易局補助藥品及消耗器材新台幣三百五十萬元，行政院農業委員會補助儀器設備新台幣七百四十萬元。至八十年十二月，承經濟部前商品檢驗局協助代訓之檢驗人員業已結訓，儀器設備並已試車完竣，自八十一年元月起，本會水產品檢驗中心即正式承辦輸日活鰻出口前之自主檢查工作。

       八十年冬，本會承會員大會授權著手興建檢驗中心。於桃園市大園區購買建地三百餘坪及路地五十坪計費新台幣兩千零九十餘萬元。八十三年三月本會第五次理監事聯席會議決議，成立檢驗中心籌建小組，全權負責檢驗中心之籌建事宜。新建工程造價計新台幣一千五百九十萬元，歷經籌建小組一年多之辛勞，大園區圳頭路檢驗中心建築工程終於在八十四十月完工。俟水電外線工程、空地整建及內部裝修一併完工後，本會又添購器材充實設備，將檢驗中心遷入新建大樓工作，並於八十四年十一月二十三日上午隆重舉行落成典禮。

       原大園區檢驗中心，其所在位置為桃園航空城機場園區計畫之特定徵收區，本會承會員大會授權著手搬遷建置檢驗中心。於桃園市蘆竹區購買乙種工業用地總面積112.58坪之四層樓建築物，計費新台幣兩千一百七十餘萬元。建置工程造價計新台幣五百八十餘萬元，於一百一十一年三月三十一日上午隆重舉行喬遷典禮。